3. köprü güzergâhında ‘ilk bakışta’ görünen arkeolojik buluntular şaşırttı. Ancak uluslararası finans kurumlarından kredi bulmak amacıyla hazırlanan ÇED raporunda belirlenen kültür varlıklarından ne İstanbul Arkeoloji Müzesi’nin ne de koruma kurullarının haberi var. Marmaray projesi sırasında Yenikapı’da müze tarafından yapılan arkeolojik kazılarda çok sayıda tarihi eser ortaya çıkmış ve proje 7 yıl uzamıştı. Bu projenin de uzamasından korkulduğu için müze devre dışı bırakıldı.