Seba, başkanlığı bıraktıktan sonra da taraftarların ve üyelerin ilgisinden uzak kalamadı. 117 yıllık kulüp tarihinin 71 yılında Süleyman Seba'nın adı hep Beşiktaş ile anıldı. Kulübün onursal başkanı olarak da tarihe geçen Süleyman Seba, Beşiktaş Akaretler'deki mütevazı evinde sakin hayatıyla yine kulübüne yakın durdu. Seba, evinde de sık sık siyah-beyazlılarla bir araya gelerek Beşiktaş sevdasını sürdürdü. Taraftarlar da tribünlerden sık sık Süleyman Seba lehine tezahüratlarla efsane başkanlarını unutmadıklarını gösterdi.
Siyah-beyazlı kulübe büyük hizmetlerde bulunan Seba, 1999-2000 sezonunda futbol takımının aldığı kötü sonuçların ardından tribün ve muhalefetin tepkisi sonrası, 2000 yılı Mart ayındaki kongrede aday olmayacağını açıkladı. Kongrede duygu dolu bir konuşmayla kongre üyelerine veda etti. "İnsanlarla yaşadım, insanı öğrendim. İnsanlarla yaşadım, insanlığı öğrendim. İnsanlarla yaşadım, insanlardan nankörlüğü gördüm. 'Dostlarım, dostlarım... Ama ben dostlarımdan çok korkarım.' diyen düşünürlere hak vermemek elde değil!" şeklinde buruk sözler sarf eden Seba, uzun süreli başkanlığını sonlandırdı.
Kongreye katılan üyeler, kulüp tarihinin bir diğer önemli ismi Hakkı Yeten'den sonra oy birliğiyle Süleyman Seba'nın ikinci onursal başkan olmasına karar verdi. Süleyman Seba'nın ismi Akaretler'deki kulüp binasının bulunduğu caddeye verilirken, Beşiktaş Belediyesi ayrıca bu caddede bulunan Vişnezade Parkı'na heykelini yaptırdı. Seba'nın ismi ayrıca Beşiktaş Hentbol Takımı'nın iç saha maçlarını oynadığı Dikilitaş'taki spor salonuna da verildi.
Mütevazı kişiliğiyle spor camiasının saygısını kazanan Süleyman Seba, kulübe kazandırdığı tesislerin yanı sıra elde edilen birçok kupayla da taraftarların gönlünde taht kurdu. Beşiktaş, Seba'nın başkanlığında beşer kez lig şampiyonluğu ve Cumhurbaşkanlığı Kupası kazanırken, Türkiye Kupası'nı 4 defa müzesine götürdü. Siyah-beyazlı ekip, Seba başkanlığında ayrıca 2 Başbakanlık Kupası ve 6 Türkiye Spor Yazarları Derneği (TSYD) Kupası da olmak üzere toplam 22 kupayı müzesine taşıdı.
Beşiktaş, efsane başkanı döneminde üst üste 3 kez şampiyon olma başarısı gösterdi. Metin Tekin, Ali Gültiken, Feyyaz Uçar, Rıza Çalımbay ve Mehmet Özdilek gibi oyunculardan kurulu takımla başarılı sonuçlara imza atan siyah-beyazlı ekip, üst üste 3 kez şampiyonluğa ulaşarak tarihinin en önemli başarılarından birine imza attı. Beşiktaş, Süleyman Seba'nın başkan olduğu 1989-1990, 1990-1991 ve 1991-1992 sezonlarında şampiyonluğa ulaşarak tarihinin en önemli başarısına ulaştı.
Siyah-beyazlı ekip, namağlup şampiyonluk başarısını da Süleyman Seba döneminde yaşadı. Beşiktaş, 1991-1992 sezonunda 30 maçta rakiplerine karşı başarılı sonuçlara imza atarak şampiyonluğa ulaştı. 23 galibiyet ile 7 beraberlik alan ve sahadan hiç boynu bükük ayrılmayan siyah-beyazlı takım, Seba yönetiminde bir başka tarihi başarıya imza attı.
13 Ağustos 2014'te vefat eden Seba, ilk golü attığı BJK İnönü Stadı'nın yerine yapılan Vodafone Park'ta gerçekleştirilen cenaze töreniyle son yolculuğuna uğurlandı. İnşaat halindeki statta gerçekleştirilen cenaze törenine binlerce siyah-beyazlı taraftar katıldı. Efsane başkanın naaşı, Dolmabahçe'de stadın karşısında yer alan Bezmialem Valide Sultan Camisi'ndeki cenaze namazının ardından Feriköy Mezarlığı'na defnedildi.