Seba, başkanlığı bıraktıktan sonra da taraftarların ve üyelerin ilgisinden uzak kalamadı. 117 yıllık kulüp tarihinin 71 yılında Süleyman Seba'nın adı hep Beşiktaş ile anıldı. Kulübün onursal başkanı olarak da tarihe geçen Süleyman Seba, Beşiktaş Akaretler'deki mütevazı evinde sakin hayatıyla yine kulübüne yakın durdu. Seba, evinde de sık sık siyah-beyazlılarla bir araya gelerek Beşiktaş sevdasını sürdürdü. Taraftarlar da tribünlerden sık sık Süleyman Seba lehine tezahüratlarla efsane başkanlarını unutmadıklarını gösterdi.
Siyah-beyazlı kulübe büyük hizmetlerde bulunan Seba, 1999-2000 sezonunda futbol takımının aldığı kötü sonuçların ardından tribün ve muhalefetin tepkisi sonrası, 2000 yılı Mart ayındaki kongrede aday olmayacağını açıkladı. Kongrede duygu dolu bir konuşmayla kongre üyelerine veda etti. "İnsanlarla yaşadım, insanı öğrendim. İnsanlarla yaşadım, insanlığı öğrendim. İnsanlarla yaşadım, insanlardan nankörlüğü gördüm. 'Dostlarım, dostlarım... Ama ben dostlarımdan çok korkarım.' diyen düşünürlere hak vermemek elde değil!" şeklinde buruk sözler sarf eden Seba, uzun süreli başkanlığını sonlandırdı.
Kongreye katılan üyeler, kulüp tarihinin bir diğer önemli ismi Hakkı Yeten'den sonra oy birliğiyle Süleyman Seba'nın ikinci onursal başkan olmasına karar verdi. Süleyman Seba'nın ismi Akaretler'deki kulüp binasının bulunduğu caddeye verilirken, Beşiktaş Belediyesi ayrıca bu caddede bulunan Vişnezade Parkı'na heykelini yaptırdı. Seba'nın ismi ayrıca Beşiktaş Hentbol Takımı'nın iç saha maçlarını oynadığı Dikilitaş'taki spor salonuna da verildi.