Almanya'da özellikle Şampiyonlar Ligi'nde ortaya koyduğu performansla adından söz ettiren ancak son 3 lig maçında kadroya dahi alınmayan Emre Mor, Borussia Dortmund'un Almanya Kupası'nda Herhta Berlin'le oynadığı mücadelede de görev yapmadı. Teknik Direktör Tuchel'in son maçlarda kadroda şans vermediği Emre Mor için Almanya'da farklı yorumlar yapılmaya başladı. Yapılan yorumlarda Emre Mor'un A Milli Takım ve Dortmund forması altında oynadığı son maçlardaki agresif tavırlarının bu tercihte etkili olduğu iddia edildi. Ancak gerçek sonradan ortaya çıktı. Emre Mor'un belinde bir problem olduğu ve bu nedenle tedavi gördüğü öğrenildi. Genç yıldızın 5 gün sonra Şampiyonlar Ligi'nde oynanacak Benfica maçında kadroda olması bekleniyor. 4 MAÇTIR 18'DE YOKSon olarak 20 Aralık 2016'da Augsburg ile yapılan maçta kadroda yer alan Emre Mor, bu mücadelede süre alamadı. Emre, daha sonra sırasıyla Werder Bremen, Mainz, RB Leipzig ve Hertha Berlin maçlarında tribünde oturdu.