2016-2017
21 Ocak 2017 tarihinde Emre'nin sezon sonu bitecek olan sözleşmesi 1 yıl daha uzatıldı. 22 Ocak 2017 tarihinde Emre, Süper Lig'te 300. maçına çıktı. Bu maçının 6,5 sene formasını giydiği ve kaptanlığını yaptığı Fenerbahçe'ye karşı denk gelmesinden dolayı mutlu olduğunu belirtti. 2010-2011 sezonundan sonra 27 maçla en çok lig forması giydiği sezonu yaşadı. Bu 27 maçta 4 kez fileleri havalandırmayı başardı.
2017-2018
Emre Belözoğlu, Fenerbahçe'den ayrıldıktan sonra her sezon transfer dedikoduları çıktı ve bu iki isim yan yana anıldı ve Fenerbahçe'li olduğunu hiçbir zaman gizlemediğini söyledi. Her ne kadar Başakşehir'in kaptanı olsa da, sürekli adı Fenerbahçe'yle anıldı ve kendini Fenerbahçe'ye ait olduğunu hissettiğini belirtti. 27 maçla 2010-2011 ve 2016-2017 sezonlarından sonra ligde en çok maça çıktığı sezonu geçirdi. Başakşehir bu sezon Avrupa Ligi'ne katıldı ve C grubunu Braga ve Ludogorets Razgrad takımlarının ardından 3. olarak tamamladı. Başakşehir, 25 Mayıs 2018'de, kaptanı Emre ile 1 yıl daha sözleşme imzaladı.
2018-209
Başakşehir ilk yarsını en yakın rakibine 6 puan fark atarak lider olarak tamamladı ancak ligi 2. sırada bitirdi. 2020 Avrupa Futbol Şampiyonası elemelerinde, 22 Mart 2019 tarihinde ilk grup maçına çıkacak olan Türkiye millî takımına yaklaşık 1.5 yıl sonra tekrar çağırıldı. Arnavutluk'a karşı oynanan bu maça, ilk 11 başlayıp 65 dakika sahada kaldı.