Teknik direktörlük kariyerinde bir sezon Fildişi Sahili'ni çalıştıran Jean-Marc Guillou, 2001-02 sezonunda Belçika'nın Beveren takımının başına geçmişti. Abidjan'daki akademinin gelişim süreci de Guillou'nun izlediği bu yolu takip edecekti. O yıllarda ASEC ve Beveren arasında bir pilot takım anlaşması imzalandı. Proje dâhilinde Yaya Toure, Arthur Boka, Gervinho, Romaric gibi isimlerin yanı sıra Emmanuel Eboué de Beveren'e transfer oldu. Ekim 2002'de Beveren ile ilk maçına çıkan Eboué, merdivenleri tırmanmaya başlamıştı.
Fransız menajer Arsène Wenger'in teknik adamlık kariyerine başlangıç noktasındaki isimlerden biri olan Jean-Marc Guillou, projenin üçüncü ayağına 2002 yılında Arsenal'i de dâhil ediyordu. Kolo Toure, o sene ASEC Mimosas'tan Arsenal'e geçti. Ancak ASEC Mimosas, Beveren, Arsenal üçlüsünü tamamlayan ilk oyuncu Emmanuel Eboué oldu. Beveren'de üç sezona 70 maç sığdırarak Arsenal'in yetenek avcularının dikkatini üzerine çeken Fildişili, 2005 yılının Ocak ayında Kuzey Londra'nın yolunu tutuyordu.
ASEC Mimosas, oldukça başarılı bir proje olarak duruyordu futbol dünyasının karşısında. 2006 FIFA Dünya Kupası'nda tarihinin ilk Dünya Kupası maçına Arjantin önünde çıkan Fildişi Sahili'nin 11 oyuncusundan altısı, ASEC Mimosas eğitimi almış isimlerdendi. O gün savunmanın sağına yerleşen Eboué, Arsenal'deki ilk sezonunda daha çok rezerv takımda görev alıyordu. Premier League'de sadece bir maça sonradan dâhil olmuştu. Ama FA Cup şampiyonu olan takımda önemli görevler aldığı görülüyordu. Fildişili, 2005-06 sezonunda ise takımın bir parçası olacaktı. Ekim ayında Sunderland'e karşı Arsenal kariyerindeki ilk golü atan Eboué, sezonun son maçında Şampiyonlar Ligi Finali'ne ilk 11'de başlıyordu.Eboué, Ocak 2005'te katıldığı Arsenal adına 214 defa forma giydi. 1886 yılında kurulan Arsenal'de 200 maç barajını aşan 99 futbolcudan biri olan tecrübeli oyuncu, bu kategoride 85. basamakta yer alıyor. ABD'li aktör Eddie Murphy'nin hayranı olan Eboué, 2004 senesinde Sudan karşılaşmasıyla başlayan milli takım kariyerinde 61 maça çıktı, ülke futbolunu dünyaya tanıtan jenerasyonun önemli isimlerinden oldu. Arsenal'in kült kahramanlarından biri olarak kabul edilen 1.78 metre boyundaki Eboué, sağ bekte, sol bekte, sağ açıkta ve orta sahada görev alabilen enerjik, istekli, yetenekli bir oyuncu olan Eboue, 2011/2012 sezonu başında Galatasaray'a transfer oldu.
Galatasaray'da 3 sezon geçiren Eboue, ilk sezonuda 32, ikinci sezonunda 39 maça çıktı. Üçüncü sezonunda 30 maça çıkan Eboue, Haziran 2015 tarihinde sözleşmesinin bitmesiyle Galatasaray'dan ayrıldı. Galatasaray'a Arsenal'den transfer olan Eboue, 2006 yılında Kuzey Londra ekibiyle Şampiyonlar Ligi finalinde boy göstermişti. Arsenal’da da forma giyen ve Kuzey Londra’da yaşamını sürdüren Eboue’ye Galatasaray da yardımda bulunmuş, 34 yaşındaki eski futbolcuya altyapıda görev verildiği ifade edilmişti.