O sezonun ardından ülkesine giden Daum, 2009-10 sezonunda bir kez daha Fenerbahçe’nin teknik direktörlüğüne getirildi ve adeta 2005-06 sezonu yeniden yaşandı. Sarı-lacivertli ekip, Daum önderliğinde ligin son haftasına yine lider girdi ama şampiyonluk ipini Bursaspor göğüsledi.
Christoph Daum, Türkiye’deki son macerasında 2013-14 sezonunda Bursapor’da görev yaptı. Alman çalıştırıcı ile yeşil-beyazlılar 2 yıllık sözleşme imzalasa da kötü gidişat sebebiyle ilk yıl dolmadan yollar ayrıldı.
Daum, teknik direktörlük kariyerinde son olarak 2016-27 sezonunda Romanya Milli Takımı’nı çalıştırdı.