Beşiktaş dönemi
1993-94 sezonuna kötü başlayan Beşiktaş, uzun yıllar beraber çalıştığı teknik direktörü Gordon Milne ile yollarını ayırdıktan sonra Daum'a teklif götürdü ve 1994 Ocak ayında Daum, ilk yurt dışı kariyerine Beşiktaş ile başladı. Daum, Beşiktaş'ın başına geçtiğinde liderin 10 puan gerisinde 5. sıradaydı. İkinci yarı öncesi birkaç hazırlık maçı sonrası ilk resmî maçını ezeli rakibi Fenerbahçe ile Türkiye Kupası karşılaşmasında yaptı ve rakipleri 2-1 yenerek elediler. Daum lige de Gençlerbirliği galibiyetiyle başladı. Beşiktaş sezon sonunda lig dördüncüsü olmuştu. Türkiye Kupası'nda ise takımı finale taşıyan Daum, Galatasaray'la ilk maçta 0-0 berabere kalıp, rakibini ikinci maçta 3-2 yenerek Beşiktaş ile Türkiye Kupası'nı kazandı. Sezonu, Cumhurbaşkanlığı Kupası maçıyla kapatan Daum'lu Beşiktaş, Galatasaray'ı 3-1 yenerek bu kupayı da kazandı.
Daum, 1994-95 sezonuna önemli transferlerle hazırlandı. Eski Alman millî takım kalecisi Raimond Aumann, Stuttgart'tan öğrencisi Eyjólfur Sverrisson ve Norveçli futbolcu Ronny Johnsen'i transfer etti. Ayrıca takıma Samsunspor'dan yüksek bir transfer ücreti ödenerek Ertuğrul Sağlam katıldı. Sezonun ilk yarısını Galatasaray'ın ardından, rakibinden bir averaj kötü durumda ikinci bitiren takım, ikinci yarınının başında liderliği ele geçirdi ve sezon sonuna kadar birinci olarak devam etti. Böylece Daum, kariyerindeki ikinci, Türkiye'deki ilk şampiyonluğuna ulaştı. Avrupa'da ise Kupa Galipleri Kupası'nda sadece ikinci tura çıkabildiler. Türkiye Kupası ve Cumhurbaşkanlığı Kupası'nda ise başarı gelmedi.
1995-96 sezonunda takıma ünlü Alman futbolcu Stefan Kuntz dahil oldu. Beşiktaş, ilk büyük sınavını UEFA Şampiyonlar Ligi elemelerinde verdi. Norveç ekibi Rosenborg karşısında deplasmanda 3-0'lık sürpriz bir yenilgi alan Beşiktaş, evindeki maçı 3-1 kazansa da gruplara kalamadı. Ligde de bu sefer başarı gelemedi ve rakipleri Fenerbahçe ve Trabzonspor'un gerisinde kaldılar. Kupada da çeyrek finalde Galatasaray'a elendiler. Daum, sezonun bitime 2 maç kala Beşiktaş'tan istifa etti ve son iki maçta takımı yardımcısı Roland Koch yönetti.
Kokain davası sonrası Alman takımlarından teklif alamayan Daum, 2001-02 sezonunda eski takımı Beşiktaş'a döndü. Beşiktaş yönetimi, sözleşmesi devam eden Nevio Scala'yı sağlık sorunlarını sebep göstererek olaylı bir şekilde kovdu. Mart 2001'de Beşiktaş'ın başına geçen Daum, Beşiktaş'ı dördüncü yaptı. 2001-02 sezonunda ise Beşiktaş, ligde pek varlık gösteremeyerek lig üçüncüsü oldu. Türkiye Kupası'nda takımı finale çıkarsa da Kocaelispor'a 4-0 yenilerek kupayı kaybettiler. Almanya'da süren kokain davası yüzünden sık sık Almanya'ya gitmek zorunda kalan Daum, ilk Beşiktaş dönemindeki başarıları yakalayamadı ve sezon sonunda takımdan ayrıldı.