B vitamini açısından karpuz çekirdekleri zengindir. Karpuz çekirdeği, sinir sitemini ve bağışıklık sitemini güçlendirirler. Günlük ortalama 100 gramlık karpuz çekirdeği tüketimi çok iyi miktarda magnezyum ihtiyacını karşılar. Karpuz çekirdekleri diyabet hastalarına da iyi gelir. Bir litre suda 45 dakika kaynatılarak günde bir bardak şeklinde tüketilebilir.