Hastalığın kontrol altına alınmaması ya da tedavisinin tamamlanmaması, uzun dönemde hasta açısından önemli sağlık sorunlarına yol açabilir. Polikistik over sendromu tedavi edilmediğinde; hastaların % 50’sinde insülin direnci, % 8’inde Tip 2 diyabet, kıllanma artışı, akne, obezite ve kalp damar hastalıkları görülme riski vardır.