Aygün, yüksek lisansını 1992'de aynı üniversitede, doktorasını 1997'de İngiltere'de London City University'de tamamladı.
2006'da profesör unvanını alan Aygün, son olarak Kocaeli Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesinde Dekan olarak görev yapıyordu.
Kocaeli Üniversitesinde 7 yıl dekanlık, 10 yıl matematik bölümü başkanlığı görevlerinde bulunan Aygün, 9 yıldır da ÖSYM'nin Kocaeli ve Marmara Bölge Koordinatörlüğünü yürütüyordu.