Üniversite bünyesinde Ankara'da Kara Harp Okulu, Tuzla'da Deniz Harp Okulu, Yeşilköy'de Hava Harp Okulu, Balıkesir'de Kara Astsubay Meslek Yüksekokulu, Yalova'da Deniz Astsubay Meslek Yüksekokulu, İzmir'de Hava Astsubay Meslek Yüksekokulu, Ankara'da Bando Astsubay Meslek Yüksekokulu, Kara, Hava ve Deniz Harp Enstitüleri, Atatürk Stratejik Araştırmalar Enstitüsü, Müşterek Harp Enstitüsü, Fatih Harp Tarihi Araştırmaları Enstitüsü, Alparslan Savunma Birimleri Enstitüsü, Barbaros Deniz Bilimleri ve Mühendisliği Enstitüsü, Hezarfen Havacılık ve Uzay Teknolojileri Enstitüsü ve Milli Savunma ve Güvenlik Enstitüsü yer alıyor.