Maliye Bakanlığında müfettiş, teftiş kurulu başkan yardımcılığı, Gelirler Genel Müdürlüğünde daire başkanlığı ve bakan danışmanlığı görevlerinde bulunan Ağbal, 2006-2009 yılları arasında Bütçe ve Mali Kontrol Genel Müdürlüğü, 2009-2015 yılları arasında ise Maliye Bakanlığı Müsteşarlığı yaptı. Naci Ağbal, 2004-2006 yıllarında TÜPRAŞ Yönetim Kurulu Üyeliği, 2006'da PETKİM AŞ Yönetim Kurulu Üyeliği, 2006-2015 yıllarında Türk Hava Yolları (THY) AŞ Yönetim Kurulu Üyeliği görevlerinde bulundu.