Medresenin zemin katında on dokuz, birinci katında ise on sekiz odası bulunmaktadır. Girişin batısındaki kare mekân, mescid olarak kullanılmıştır. Güneyde ana eyvanla birleşen, altında mumyalığı bulunan kümbet, Anadolu'da çağdaşları arasındaki en büyük türbe olma özelliğine sahiptir. Gövdesi on iki köşeli olan kümbet dıştan külah, içten kubbe ile örtülüdür. Saçağı, süsleme şerit ve silmelerle bezenmiştir.
Çifte Minareli Medrese'nin özellikle taç kapısında bulunan bezemeler, Selçuklu taş süslemesindeki derinliğin ve estetik anlayışın muhteşem örneklerini oluşturmaktadır. Bezemelerde ağırlıklı olarak bitkisel ögeler kullanılmıştır. En çok palmet ve rumi motifleri kullanılırken, her ikisinin de birbiri ile uyumu dikkat çekmektedir.