Sekizgen bir plana sahip olan Kızılkule, sade dış görünüşünün aksine içte karmaşık bir plana sahiptir. Kızılkule; zemin kat, birinci kat, asma kat, açık kat ve açık teras olmak üzere beş katlıdır.
Yapının heybetli görünüşünün aksine, muhtemelen askeri amaçlar nedeniyle, küçük ve gösterişsiz bir giriş kapısı ve dar bir koridordan zemin kata ulaşılmaktadır. Merkezdeki sekizgen fil ayağının çevresini tonozlu bir koridor sarar. İbrahim Hakkı Konyalı’ya göre, yapının ilk zamanlarında zemin ve birinci katlarda koridor tonozunun başlangıcından üst örtüye kadar uzanan ve kale muhafızlarının yatmaları ve dinlenmeleri için bugün ancak izleri görülebilen ahşaptan basık odalar mevcuttu. Zemin kat günümüzde sergileme mekanı olarak kullanılmaktadır.
Yüksek taş basamaklı bir merdivenle ulaşılan 1.katın merkezindeki ayağın üst kısmına büyük bir su sarnıcı yerleştirilmiştir. Bugün bile işler vaziyette olan sarnıcın ağız kısmı açık katta bulunmaktadır.
Sarnıca yakın olan koridorun tabanında, sekizgen kenarların ortasına denk gelecek şekilde birer havalandırma bacası yerleştirilmiştir. Bugün sergi mekanı olarak kullanılan katın kuzeybatısında bulunan kapı dıştaki surlara açılmaktadır. Sağdaki sur duvarında büyük bir gemi graffitisi görülebilir.
Dar bir koridor şeklinde olan asma katta kaynar zift ve su dökme açıklıkları mevcuttur.Açık terasın ortasında sarnıcın ağzı ve çevresinde ikişerli sıra halinde toplam 16 adet havalandırma bacası mevcuttur. Bu bacalardan giren ışık birinci kata kadar ulaşır.