İstanbul’un fethi sırasında hiçbir zarar görmeyen yapı, Sultan II. Beyazıd devrinde Sadrazam Hadım Ali Paşa tarafından 1511 yılında camiye çevrilmiş ve yanına bir de medrese eklenmiştir. Kariye Camisi, Bakanlar Kurulu kararı ile 1945 yılında müzeye dönüştürülmüştür.
Kilise dışındaki manastır yapıları zamanla yıkılarak kaybolan bina, Doğu Roma sanatında gerek mimarisi, gerek mozaik ve freskleriyle dikkat çekmektedir. Kilise dışındaki manastır yapıları zamanla yıkılarak kaybolan bina, Doğu Roma sanatında gerek mimarisi, gerek mozaik ve freskleriyle dikkat çekmektedir.