Topbaş, 40 yılı aşkın siyasi hayatında,1994-1998 yılları arasında İstanbul Büyükşehir Belediye Başkanlığı yapan Türkiye Cumhurbaşkanı Recep Tayyip Erdoğan'ın danışmanlığını yaptı.
Danışmanlığı süresince, Büyükşehir Belediyesine bağlı olan saray, kasır ve tarihi eserlerin restorasyon çalışmalarına katkı sağlayan Topbaş, 1999'da Fazilet Partisi'nden Beyoğlu Belediye Başkanlığına seçildi ve Beyoğlu'nda kapsamlı bir dönüşümü hedefleyen "Güzel Beyoğlu Projesi"ni geliştirerek uygulamaya koydu.
Kadir Topbaş, 2004'te Adalet ve Kalkınma Partisinden (AK Parti) İstanbul Büyükşehir Belediye Başkanı olarak seçildi. Aynı yıl Marmara Belediyeler Birliği Meclisi tarafından birlik başkanı olarak seçilerek, bu görevi 2009'a kadar yürüttü.
2004'te Birleşmiş Kentler ve Yerel Yönetimler, Orta Doğu ve Batı Asya Bölge Teşkilatı (UCLG-MEWA) Başkanı ve Birleşmiş Kentler ve Yerel Yönetimler Dünya Teşkilatı (UCLG) Başkan Yardımcısı olarak seçilen Topbaş, 2007'de UCLG'ye eş başkan seçildi.
Ayrıca Topbaş, 2009'da İstanbul Büyükşehir Belediye Başkanı olarak tekrar seçilerek İstanbul tarihinde üst üste seçim kazanan ilk büyükşehir belediye başkanı oldu.