İstanbul'a döndüğünde gazete ve dergilerde yazılar yayınlamaya başladı. Aile, 1914 yılında maddi sıkıntı içine girmiş ve babası Mehmed Şakir Paşa Afyon’daki Kabaağaçlı çiftliğine yerleşmişti. Babasının çiftlikte bir tartışma anında Cevat Şakir’in silahından çıkan kurşunla vurularak ölmesi üzerine cinayet iddiasıyla yargılandı ve 15 yıl kürek cezasına çarptırıldı. Cezasının yedi yılını çektikten sonra baş gösteren verem hastalığından ötürü tahliye edildi.
1925 yılına kadar geçimini haftalık dergilerde tercümeler, yazılar yayınlayarak, resim ve yeni tarz tezhipler yaparak, karikatür yaparak, karikatür çizerek ve renkli dergi kapakları hazırlayarak temin etti.
3 yıllık sürgünlüğünün yarısını Bodrum'da tamamladı. Cezasının son yarısını İstanbul'da tamamladıktan sonra, çok sevdiği insanları ve doğal güzellikleriyle kaynaştığı Bodrum'dan uzak kalamadı ve Bodrum'a yeniden dönüp yaklaşık 25 yıl kaldı.
Bodrum'un antik çağdaki adı olan Halikarnas'ı mahlas olarak benimseyen Cevat Şakir, Bodrum'da balıkçılık dahil çeşitli işlerde çalıştı. Edebiyat sahasına giren eserlerinin büyük kısmını da Bodrum’da yazdı. İkinci evliliğini dayısının kızı Hamdiye, üçüncü evliliğini Hatice Hanım’la yapan Cevat Şakir'in üç evliliğinden beş çocuğu oldu. Çocuklarının orta öğrenim çağına gelince, o yıllarda bu kasabada ortaokul bulunmaması sebebiyle ailesini İzmir’e nakletti. Yaşamını yazarlık ve turist rehberliği ile sürdürdü, rehberlik kurslarında da ders verdi. 13 Ekim 1973'te İzmir'de kemik kanserinden vefat etti. Vasiyeti üzerine Bodrum'a gömüldü. Kabri Bodrum-Gümbet'teki Türbe Tepesinde manevi oğlu Şadan Gökovalı ile seçtiği yerde küçük bir müzesi ile birlikte "Halikarnas Balıkçısı Müzesi" adı altında bulunmaktadır.