Kutsal emanetleri yağmaya karşı İstanbul'a gönderdi
Osmanlı hükümetinin Hicaz’ı kısmen boşaltma kararı alması üzerine Fahreddin Paşa, herhangi bir yağmaya karşı Medine'de Hz. Peygamber’in mezarında bulunan mukaddes emanetlerin İstanbul'a nakledilmesini teklif etti. Sorumluluk kendisinde olmak şartıyla teklifi hükümet tarafından kabul edildi.
Fahreddin Paşa bir komisyon kurarak tek tek kontrol ettirdiği 30 parçadan oluşan mukaddes emanetleri 2 bin askerin koruması altında İstanbul’a gönderdi.
Bedeviler, Şerif Hüseyin ve İngiliz'lerin safına geçince Medine’yi Suriye’ye bağlayan demiryolunun korunması güçleşti. Meşhur İngiliz casusu Lawrence demiryolu boyunca dolaşarak rayları dinamitle parçalattı.Çölün ortasında çevre ile irtibatı kesilmiş bir kale durumuna gelen ve iaşesi de azalan Medine'nin tahliyesine karar verildi. Mekke Emiri Şerif Haydar Paşa ve 3-4 bin kişilik yerli halk Medine'den ayrıldı.Fahreddin Paşa, elinde kalan az sayıdaki kuvvetle hem bu çöl yolunu hem de Medine’yi müdafaaya devam etti. Fakat Hicaz demiryolunun Medine’ye yakın olan Tebük-Medain arasındaki Müdevvere İstasyonu’nun düşman eline geçmesinden sonra Medine Kalesi isyancılar tarafından kuşatıldı.
Hiçbir yerden yardım alamaz duruma gelen şehirde kalmış olan halk ve asker arasında açlık ve hastalık hüküm sürmeye başladı. Bu güç şartlara rağmen Fahreddin Paşa şehrin müdafaasını sürdürdü hatta kuşatmadan önce kaleyi tahliye etmesini teklif eden İstanbul hükümetine, "Medine Kalesi’nden Türk bayrağını ben kendi elimle indiremem, eğer mutlaka tahliye edecekseniz buraya başka bir kumandan gönderin." cevabını verdi.
Fahreddin Paşa ve askerleri bir taraftan düşmanla, diğer taraftan açlık ve hastalıkla mücadele ederken İngilizlere karşı 2. Kanal Harekatı felaketle sonuçlandı, Filistin elden çıktı ve en yakın Osmanlı kuvvetleri Medine'den 1300 kilometre uzakta kaldı.
Bu sırada Osmanlı Devleti mağlup oldu ve 30 Ekim 1918'de Mondros Mütarekesi'ni imzaladı. Mütarekenin 16. maddesine göre teslim olması gereken Fahreddin Paşa buna yanaşmadı. istanbul Hükümeti'nin Mondros Mütarekesi'ni tebliğ etmek üzere gönderdiği yüzbaşıyı hapsederek İstanbul'u cevapsız bıraktı.Bir yandan İngilizler, bir yandan Medine’yi kuşatmış olan Şerif Hüseyin'in kuvvetleri Medine'nin bir an önce teslim edilmesini istedilerse de Fahreddin Paşa bu isteklerine karşılık vermedi. Babıali İngilizler'in de baskısı üzerine bu defa padişahın imzasını taşıyan bir teslim emrini Adliye Nazırı Haydar Molla ile Medine’ye gönderdi. Fahreddin Paşa bu emri de dinlemedi. Askerlerin çoğunun hasta olmasına, cephane, ilaç ve giyecek stoklarının bitmesine rağmen direnmeyi sürdürdü. Ancak sonunda kendi subaylarının da baskısı ile teslim olmaya rıza gösterdi.
Kabul edilen teslim şartlarının başında, kumandan Fahreddin Paşa'nın 24 saat içinde Haşimi kuvvetleri karargahında misafir edileceği ifadesi yer aldığı halde Fahreddin Paşa Ravza-i Mutahhara (Hz. Muhammed'in mezarından minberine kadar olan yer) yakınındaki bir medreseye giderek yatağına girdi ve bir yere gitmeyeceğini bildirdi. Fakat 10 Ocak 1919'da kendisiyle görüşmeye gelen kumandan vekili Necib Bey ve etrafındakiler tarafından tutulup Haşimi karargahında hazırlanmış olan çadırına götürüldü.Şerif Abdullah'ın kuvvetleri antlaşma gereğince 13 Ocak 1919'da Medine'ye girdi. Böylece Mondros Mütarekesi'nden 72 gün sonra Medine teslim edilmiş oldu.
İngilizler tarafından "Türk kaplanı" ve "Çöl Kaplanı" diye adlandırılan Fahreddin Paşa, 27 Ocak'ta savaş esiri olarak Mısır'a gönderildi, 5 Ağustos'ta Malta'ya sürgün edildi, sürgün sırasında, savaş suçlularını yargılamak üzere işgalci devlet tarafından İstanbul'da kurdurulan ve başkanından dolayı halk arasında Nemrud Mustafa Divan-ı Harbi adı verilen mahkemece ölüme mahkum edildi. Ancak Fahreddin Paşa, Ankara hükümetinin gayretleriyle 8 Nisan 1921'de Malta'dan kurtuldu, Berlin'de karşılaştığı Enver Paşa'nın daveti üzerine Moskova'ya geçti, burada İslam İhtilal Cemiyetleri İttihadı Kongresi'ne iştirak etti.
24 Eylül 1921'de Milli Mücadele'ye katılmak için Ankara'ya gelen Fahreddin Paşa, 9 Kasım 1921'de Türkiye Büyük Millet Meclisi'nin Kabil elçisi olarak tayin edildi ve Türk-Afgan dostluğunun gelişmesinde önemli rol oynadı.
12 Mayıs 1926'da görevinin sona ermesi üzerine yurda dönen Fahreddin Paşa, 5 Şubat 1936'da Türk Silahlı Kuvvetleri'nden tümgeneral rütbesiyle emekliye ayrıldı, 22 Kasım 1948'de vefat etti. Fahreddin Paşa'nın naaşı Aşiyan Mezarlığı'nda defnedildi.