Sultan Tuğrul Dönemi (1040-1063)
Dandanakan Savaşı’yla devletini kuran Sultan Tuğrul devrinde doğuda Harezm ülkesi içlerinden batıda Anadolu’da Muradiye, Erciş bölgelerine kadar olan yöre Selçuklular’ın eline geçti. Başlangıçta Nişâbur iken daha sonra başkenti Rey şehrine taşıyan Sultan Tuğrul devrinin en önemli olayı şüphesiz Abbasî Halifesi ile olan ilişkileridir. Sultan Tuğrul, Doğu Anadolu’ya girdiği sırada, Abbasî Halifesi Kaim Bî Emrillah’tan bir mektup aldı. Halife kendisinin Şiî Büveyhoğulları’nın ve Türk asıllı Arslan Besasîrî’nin elinden kurtarılmasını rica ediyordu. Bunun üzerine Bağdat’a yürüyen Tuğrul, Büveyhoğulları Devleti’ni ortadan kaldırdı (1055), Arslan Besasîrî ise Bağdat’tan kaçtı. Sultan Tuğrul bu sırada isyan eden kardeşi İbrahim Yınal’ın isyanını bastırmak üzere İran’a dönmek zorunda kaldı.
Fatımîler’den yardım gören Arslan Besasîrî, tekrar Bağdat’ı ele geçirerek burada hutbeyi Fatımî Halifesi adına okuttu (1058). Bu sırada Sultan Tuğrul, İbrahim Yınal isyanını bastırmış ve asi kardeşini yayının kirişi ile boğdurmuştu. Daha sonra tekrar batıya dönen Sultan Tuğrul tekrar Bağdat’a girdi. Arslan Besasîrî yakalanarak öldürüldü. Halifeye büyük saygı gösteren Sultan Tuğrul, O’nu tekrar Bağdat’taki sarayına yerleştirdi (1060). Bundan çok memnun olan Halife Tuğrul’u kılıç kuşatarak, ona “Rükn’üd dünya ve’ddin” (Dünya ve dinin temeli) ve “Kasım emir ül-M’üminin” (Halife’nin ortağı) unvanlarını verdi. Ayrıca Selçuklu soyu ile akrabalık kurdu. Çağrı Bey’in kızı ile evlenen Abbasî Halifesi kendi kızını da Sultan Tuğrul’a verdi. Sultan Tuğrul Halife üzerinde yalnızca dinî görevleri bırakarak siyasî iktidarı kendi üzerinde topladı. Bu tarihten itibaren İslâmiyet’in liderliği tamamen Türkler’in eline geçmiş oldu. Sultan Tuğrul 1063 yılında 70 yaşında iken öldü. Evlâdı olmadığından yerine kardeşi Çağrı Bey’in büyük oğlu Süleyman, Vezir Amid’ül Mülk Kundurî’nin oldu bittisi ile tahta çıkarıldı.
Sultan Alparslan (1063-1072)
Horasan Valisi Alparslan başkent Rey üzerine yürüyerek ağabeyini tahttan indirip kendini Selçuklu Sultanı ilân etti. Vezir Kundurî’yi de azlederek yerine Nizam’ül-Mülk’ü bu makama getirdi. Saltanatının ilk yıllarında Arslan Yabgu’nun oğlu Kutlamış’ın ve kardeşi Kavurt’un isyanları ile uğraştı. Kutlamış Alparslan’la yaptığı savaşı kaybetti, kaçarken düşüp öldü (1064). Daha sonra Sultan Alparslan Gürcistan’ı ve Ermenistan’ı vergiye bağladı. Ani ve Kars’ı zapt etti. Anadolu ve Mısır’a da hâkim olarak denizlere ulaşmak isteyen Sultan Alparslan güneye Dicle boylarına giderek Halep’e kadar egemenliğini kabul ettirdi. Ancak burada iken Bizans İmparatoru Romanos Diogenes’in büyük bir ordu ile üzerine yürüdüğümü öğrendi. Romanos Diogenes Erzurum üzerinden Malazgirt’e gelirken Sultan Alparslan da 50.00 kişilik kuvvetiyle süratle kuzeye yöneldi. Bir yandan elçiler göndererek Bizans İmparatoru’na sulh teklifinde bulunan Sultan Alparslan’ın bu tutumu Bizans İmparatoru’nda Sultan’ın kendisinden korktuğu kanaatini uyandırmıştı. Her iki ordu 26 Ağustos 1071 tarihinde Malazgirt Ovası’nda karşılaştılar. Bu sırada Bizans ordusundaki ücretli Peçenek ve Uzlar soydaşları Selçuklular tarafına geçtiler. Taktik gereği geri çekilen Sultan Alparslan, Bizans İmparatoru’nu üzerine çekerek ordugâhından hayli uzaklaştırdı.
Durumu çok geç fark eden İmparator geri çekilme emri verdiyse de artık geç kalmıştı. Dört bir yandan Bizans ordusunu kuşatan Türkler akşama doğru koca Bizans ordusunu yok edercesine yendiler. İmparator Romanos Diogenes ve maiyeti esir düştü. Sultan Alparslan, esir imparatora bir misafir muamelesi yaptı. Romanos Diogenes’in Bizans’taki bütün Türk esirlerini serbest bırakması, büyük bir kurtuluş parası vermesi, her yıl vergi vermesi şartıyla barış yaparak memleketine gönderdi. Ancak Bizans’a dönen İmparator gözleri kör edilerek hapse atılmış ve bu antlaşma böylece uygulama alanı bulamamıştı. Malazgirt Savaşı ile yurt arayan büyük Türk nüfusuna Anadolu’nun kapısı açılmış oldu. Avrupa’da büyük akisler uyandıran bu savaş Haçlı sefelerinin hazırlanması konusunda da Avrupa için bir uyarı oldu.
Daha sonra Maveraünnehir bölgesine sefere çıkan Sultan Alparslan, ele geçirdiği Yusuf adlı bir kale komutanı tarafından hançerlenerek şehit oldu (1072), yerine oğlu Melikşâh Selçuklu tahtına geçti.
Sultan Melikşâh Dönemi (1072-1092)
Saltanatının ilk yıllarında, Sultan Alparslan zamanında da iki defa isyan etmiş ve affedilmiş olan amcası Kavurt tekrar isyan etti. Bu isyan bastırılarak Kavurt yayının kirişiyle boğdurularak idam olundu. Karahanlılar ülkesine yürüyen Melikşâh Semerakant’a kadar olan bölgeyi ele geçirdi. Her iki hanedanın arasında akrabalık kuruldu. Gazneliler de aynı akıbete uğradılar ve Melikşâh’ın yüksek hâkimiyetini kabul etmek zorunda kaldılar. Kutlamış’ın oğlu Süleyman Şâh’ı Anadolu’ya göndererek O’nu bu ülkeye emîr olarak atadı. Kutlamış-oğlu Süleyman Şâh kısa zamanda baştan başa bütün Anadolu’yu ele geçirdi. İzmit başkent olmak üzere (1077) Anadolu Selçuklu Hanedanı’nın temelini attı. Melikşâh zamanında Selçuklu İmparatorluğu en geniş sınırlarına ulaştı. Doğuda Seyhun Nehri ve Tanrı Dağları’ndan batıda Akdeniz ve Boğazlar’a, kuzeyde Kafkas Dağları’ndan güneyde Hint Denizi’ne kadar ulaşılmıştı. Melikşâh döneminin en önemli iç olaylarından birisi de Hasan Sabbah’ın lderi olduğu Batınî hareketidir. Hasan Sabbah, Alamut Kalesi’nde kurduğu yalancı cenneti ile bir tarikat kurmuş, tarikatına mensup fedailerle birçok Türk ve Müslüman ileri gelenlerine karşı suikastlar düzenlemeye başlamıştı. Saltanatının son yıllarında Batınîler’le uğraşan Sultan Melikşâh 38 yaşında iken zehirlenerek öldü (1092).