Bağışıklık sistemi, bir canlıdaki hastalıklara karşı koruma yapan, patojenleri ve tümör hücrelerini tanıyıp onları yok eden işleyişlerin toplamıdır. Sistem, canlı vücudunda geniş bir çeşitlilikte, virüslerden parazitik solucanlara, vücuda giren veya vücutla temasta bulunan her yabancı maddeye kadar tarama yapar ve onları, canlının sağlıklı vücut hücrelerinden ve dokularından ayırt eder.
Bağışıklık sistemindeki bozukluklar hastalıklara neden olabilir. Bağışıklık yetmezliği hastalıkları, bağışıklık sistemi normalden daha az etkin olduğunda meydana gelir, tekrarlayan ve yaşamı tehdit eden enfeksiyonlarla sonuçlanır.
Bağışıklık sistemi, eski çağlardan bu yana ilgi çeken bir konu olmuş, insanlar tarih boyunca bazı bağışıklık yöntemleri bile geliştirilmiştir.