Selanik'te Gümrük Muhafaza Teşkilatında memur Ali Rıza ile 1871 yılında henüz 14 yaşında iken evlendi. Ali Rıza, sarışın ve mavi gözlü bir kadınla evlenmeyi düşlerken, kendisinden 20 yaş küçük olan, siyah saçlı ve derin mavi gözlü bu kadına sevdalandığını belirtmiştir.
Yeni çift Selanik Yenikapı semtinde yeni hayatlarına başlamıştır. Fatma, Ömer ve Ahmet adlı üç çocukları olmuş ancak Fatma bu dönemde ölmüştür.
Eşi Ali Rıza Yunanistan sınırında Çayağzı (ya da Papaz Köprüsü)'na tayin edildiği için taşınmışlardır. Ömer ve Ahmet orada ölmüştür.
1881’de dördüncü çocukları Mustafa, 1885’te Makbule, 1889’da Naciye doğdu. Ancak Naciye 12 yaşındayken hayatını kaybetti. Ali Rıza Efendi ise 1888 yılında hayatını kaybetmiştir.Bunun üzerine Zübeyde, çocuklarını da alarak abisi Hüseyin Bey'in Langaza'daki çiftliğine gitti. Babasının erken ölümünün ve dayısının çiftliğinde ailenin erkeği olarak yaşadıklarının Mustafa üzerinde derin etkileri olduğu düşünülür.
Abisine daha fazla yük olmak istemeyen Zübeyde, ikinci evliliğini Selanik Gümrükler Başmüdürü Ragıp Bey ile yaptı. Ragıp'ın da önceki evliliğinden dört çocuğu vardı. Bu evlilik, babasının hatırasına saygı gösterilmediğini düşünen Mustafa Kemal'i kızdırdı. Zübeyde Balkan Savaşı’ndan sonra Ragıp Bey’den ayrıldı ve artık Osmanlı toprağı olmaktan çıkan Selanik’i terk ederek kızı Makbule ile birlikte İstanbul’a göç edip Beşiktaş Akaretler’de bir eve yerleşti.