YUGOSLAVYA DAĞILIYOR
1990'lı yılların başında, Yugoslavya dağılma sürecine girdi.
Yugoslav Halk Ordusu (JNA) 1991 yılında Slovenya'da çatışmaları provoke ederken, kısa bir süre sonra Hırvatistan'da da çatışmalar başladı. JNA kuvvetleri, 1991 yılının ekim ayında, Bosna Hersek'in Ravno ve Popovo köylerini yerle bir etti. Aynı ay içinde Bosna Hersek'te de bağımsızlık konusu gündeme geldi. Meclisteki tartışmalar sırasında Sırp siyasetçi Radovan Karadzic, Müslümanların yok olacağını savunuyordu.
Bosna Hersek'te 29 Şubat-1 Mart 1992 tarihlerinde bağımsızlık referandumu yapıldı. Referanduma katılanların yüzde 99'undan fazlası "bağımsız" Bosna Hersek'in için "evet" dedi.
Referandumun ardından JNA ve Sırp paramiliter grupların farklı şehirlerde saldırıları başladı. 6 Nisan 1992'de ise başkent Saraybosna'da 3,5 yıl sürecek kuşatma ve katliamlar başladı. Bu zor günlerde Aliya, tüm Bosna Hersek vatandaşlarını "uluslararası alanda tanınan" Bosna Hersek'e karşı yapılan Sırp saldırılarına karşı koymaya davet ediyordu. Boşnaklar, Aliya'nın önderliğinde çetin bir mücadele veriyordu.
Yeterli silahı olmayan Boşnak halkına karşı eşi görülmemiş suçlar işlendi. Sırp güçler, sivillere karşı büyük katliamlar gerçekleştirdi, insanlar evlerinden sürüldü, kadınlara tecavüz edildi, tarihi miras yok edildi, ülke genelinde toplama kampları kuruldu.
Bosna Hersek'teki durum, Hırvat Savunma Konseyi (HVO) saldırıları başladıktan sonra daha da kötüleşti.
1995 yılının temmuz ayında, BM koruması altında olan Srebrenica'da Sırp komutan Ratko Mladic komutasındaki güçlerin şehre girmesinin ardından 8 binden fazla Boşnak erkeğin katledildiği bir soykırım gerçekleşti.
Ülkesini savunduğu ve müzakere masasında çözüm aradığı zamanlarda bile Aliya, barışçıl ve kin barındırmayan politikasından ödün vermedi.
200 bine yakın insanın hayatını kaybettiği, bir milyondan fazla insanın evini terk ettiği, soykırım ve katliamların gerçekleştiği savaş, 1995 yılında imzalanan Dayton Barış Anlaşması ile sona erdi. Aliya, söz konusu barış anlaşmasına ilişkin, "Bu adil bir barış değil, ancak savaşın sürmesinden daha iyidir." ifadelerini kullanmıştı.
Dayton, ülkeye barışın yanı sıra karmaşık bir devlet yapısı da getirdi. Ülke, iki entite (Bosna Hersek Federasyonu ve Sırp Cumhuriyeti) ile Brçko Özerk Bölgesi'ne ayrıldı. Bosna Hersek Federasyonu da kendi içinde 10 kantona bölündü.Savaşın ardından yapılan ilk seçimde, Aliya "bağımsız" Bosna Hersek'in ilk cumhurbaşkanı ve daha sonra Devlet Başkanlığı Konseyinin ilk başkanı seçildi.10 yıllık görev süresi boyunca Aliya çözümleri demokratik diyalogla arama politikası izledi. 2000 yılında sağlık sorunları nedeniyle Devlet Başkanlığı Konseyindeki görevinden istifa etti. SDA'nın 2001 yılındaki kongresinde ise parti başkanlığına aday olmayacağını söyledi ve ardından partinin fahri başkanı ilan edildi.