Başkanlığın hizmet birimleri arasında; Siber Savunma Genel Müdürlüğü, Siber Mukavemet Genel Müdürlüğü, Ekosistem Geliştirme Genel Müdürlüğü, Dış İlişkiler Dairesi Başkanlığı, Yönetim Hizmetleri Dairesi Başkanlığı, Hukuk Müşavirliği, Basın ve Halkla İlişkiler Müşavirliği yer alacak.
Başkanlık, görev alanına giren konularla ilgili olarak bakanlıklar, kamu kurum ve kuruluşları, meslek odaları, sivil toplum kuruluşları, özel sektör temsilcileri ve konu ile ilgili uzmanların katılımı ile çalışma grupları oluşturabilecek.