2008 yılında Mısır Kuzey Askeri Bölgesi-İskenderiye’nin kumandanı daha sonra da Askeri İstihbarat ve Keşif Şefi oldu.
Uzun yıllar istihbarat servisinde görevli olmasından dolayı birçok Müslüman kardeşler üyesiyle tanışıklığı bulunan Abdulfettah Sisi, Hüsnü Mübarek‘in devrilmesinden sonra Mısır’daki birçok İslamcı parti ve grubun liderleriyle istişare görüşmeleri yaptı.
Mısır Cumhurbaşkanı Muhammed Mursi, 12 Ağustos 2012 tarihinde Abdülfettah el Sisi‘ye Mısır Bakanlar Kurulunda “Savunma Bakanı” görevini ve Mısır Silahlı Kuvvetleri Genelkurmay Başkanı görevini verdi. 27 Ocak 2014 tarihinde Mısır ordusunda mareşalliğe yükseltildi.