MYK üyesi ve genel muhasip yardımcısı olarak görev aldığı Milliyetçi Çalışma Partisi, daha sonra Genel Sekreter Yardımcılığı görevini yürüttü. İlk defa 1991 Türkiye genel seçimlerinde Trabzon milletvekili olarak meclise girdi ve 1995 yılında yapılacak genel seçimlerine kadar Türkiye Büyük Millet Meclisi Plan ve Bütçe Komisyonu üyesi olarak, önemli hizmetlerde bulundu.
1995 Türkiye genel seçimlerinin hemen ardından MHP genel sekreteri olan Aydın, bu görevini en yakınındaki isimlerden biri olarak uzun yıllarını paylaştığı, MHP'nin kurucusu ve ilk genel başkanı Alparslan Türkeş'in ölümüne kadar sürdürdü. Devlet Bahçeli'nin 6 Temmuz 1997 tarihinde yapılan Milliyetçi Hareket Partisi 5. Olağanüstü Kongresi'nde yeni genel başkan seçilmesinin ardından Kasım 1997 tarihi itibarıyla yeniden MHP genel sekreteri oldu. 1999 Türkiye genel seçimlerinde Ankara milletvekili olarak meclise girdi.