Adana’dan İstanbul’a gönderilen telgrafların hiçbir olumlu etkisi olmadığı gibi, kısa bir süre sonra Yıldırım Orduları Grubu ve 7. Ordu Karargâhı lağvedilmiş ve Mustafa Kemal Pasa İstanbul’a çağrılmıştır.
Adanalılar, İstanbul Hükümetinin 23 Kasım 1918 tarihli, Adana ve dolaylarının boşaltılmasını zorunlu kılan kararını büyük tepki ile karşılamışlardır. Durumu protesto eden, böyle bir harekâtın yaratacağı vahim hadiseleri vurgulayan bir telgraf dönemin İçişleri Bakanına yollanmıştır.
Kısa bir süre sonra işgal kuvvetleri Mersin Limanından Çukurova’ya girmiş, tüm kilit noktaları kontrol altına almış ve sonra Adana’yı işgal etmişlerdir. Bu işgal sırasında Türklere ait bütün sembol, arma, işaret ve levhalar yok edilmiş ve sistemli şekilde Türk Halkının soykırımı yoluna gidilmiştir.
Fransız işgal kuvvetleri tarafından yine çok planlı ve kati bir şekilde uygulanan diğer bir işlem de Adana, Çukurova ve civarı bölgelere Ermenilerin yerleştirilmesi olmuştur. 1915 yıllarında yani I. Dünya Savaşı sırasında Anadolu’nun Doğu yöresinde isyan eden Türk Halkını öldürüp, işkence eden ve Ruslara yardım ederek ülke içinde 5. kol olarak çalışan Ermenilerin 1915 tarihli Tehcir Kanunu ile Suriye’ye zorunlu göçleri sağlanmıştır.1918’de Adana ve Çukurova’yı işgal eden Fransızlar kendi birlikleri içinde özellikle Ermeni askerleri getirdikleri gibi, Suriye’den 70 bin Ermeni’yi Adana’ya, 12 binini Dörtyol’a, 8 binini Saimbeyli’ye yerleştirmişlerdir. Hatta Antep ve Maraş çevresine de 50 binden fazla Ermeni getirilmiştir. Bütün bu gayretler adeta I. Haçlı Seferi sırasında olduğu gibi yine Avrupa devletlerine bu bölgede “ileri karakol" görevim görecek bir Ermeni Krallığının yeniden oluşturulması içindi.
1918-1919 yıllarında Adana’da tam bir terör ve cinayet dönemi yaşanmıştır. Bunlar arasında Abdiağa çiftliği olayları, şehir içi cinayetleri, Taşköprü’de Türklerin çarmıha gerilişi ve kırbaçlanarak işkence yapılması gibi olaylar toplum şuurundan ve hatırasından çıkmayacak olaylar haline gelmiştir.
Bunca terör ve baskı arasında Adana ve yöredeki Türkler, örgütlenerek Kilikya Milli Kuvvetler Teşkilatını oluşturmuşlardır.
Çukurova, bölgelere ayrılarak, her bölgeye milis kuvvetleri ve komutanı atanmış ve tüm yöre bu milli direnme ve mücadele teşkilatının denetimine girmiştir.
Şubat 1920’den itibaren milli kuvvetler düşmana karşı zaferler kazanmaya başlamış ve her zafer daha iyi bir örgütlenme ve daha yüksek bir moral kuvveti sağlamıştır.1920’de Toroslar’dan Fransızlara saldırı başlatılmıştır. Sonuçta 27 Mayıs 1920’de Fransız orduları komutanı Mehil, milli kuvvetler tarafından esir alınmıştır. “Karboğazı Olayı??? olarak bilinen olay, Kuvay-ı Milliye’nin ilk siyasi zaferidir. Bunu takiben 28 Mayıs 1920’de Fransızlar Mersin-Adana hattına çekilmişler ve kuzey Çukurova (Kozan ve diğer dağlık bölgeler) tamamen kurtarılmıştır. Düzlük, ovalık yörelerde Ermeniler zulüm ve şiddeti arttırmışlar ve sayısız cinayetleri işlemişlerdir.
10 Temmuz 1920’de Ermeniler tarafından Türklere karşı büyük bir şiddet ve soykırım harekatına girişilmiş ve bu harekat sonucu onbinlerce Türk Toroslar’a doğru kaçmıştır. Dört gün süren bu hareket tarihte “Kaç Kaç” olayı olarak isimlendirilmiştir.
5 Ağustos 1920’de Mustafa Kemal Paşa, Fevzi Bey (Çakmak) ve Milletvekilleri Pozantı’ya gelmiş ve orayı il haline getirerek Pozantı Kongresini yapmışlardır. Daha büyük direnişe geçen Türkler çok büyük kayıplar vermişlerdir. Buna rağmen Kasım 1920 sonlarında Fransızları ağır yenilgiye uğratmayı başarmışlardır. Sonuç olarak Fransa, TBMM hükümetini resmen tanıyarak barış yoluna gitmiştir.
Türk-Fransız Barış Antlaşması, 20 Ekim 1921’de Ankara’da yapılmıştır.Bu antlaşma gereğince 5 Ocak 1922’de Fransızlar Çukurova’dan tamamen (getirdikleri Ermenileri de beraberinde götürerek) çekilmişlerdir. Fransızlarla gidemeyen veya yerli olan Ermeniler de bölgeden kaçmışlardır. Bunlardan 120 bini tekrar Suriye’ye, 30 bini Kıbrıs veya İstanbul’a gitmişlerdir.
5 Ocak 1922 kurtuluşunu kutlama amacı ile Büyük Saat ile Ulu Camii arasına çok büyük bir bayrak çekilmiş ve daha sonra bu bayrak çekilmesi olayı il’in kurtuluş günlerinde tekrarlanmıştır. Bayrak Adana’nın simgesi haline gelmiştir.