Natamisin genellikle güvenli kabul edilse de, herhangi bir kimyasal katkı maddesi gibi, dikkatli ve ölçülü kullanılması önerilir. Natamisin, ürünlere püskürtme sistemiyle ya da direkt ürün içine ilave edilerek uygulanmaktadır. Günlük natamisin alımı 0,3 mg/kg vücut ağırlığıdır. Fazla miktarda natamisin alımının toksik etkisi olmamasına rağmen insan sağlığına zararlıdır.