Aile ve Gençlik Fonu, yönetim kurulu tarafından yönetilecek. Yönetim kurulu, fondan kaynak aktarımı yapılacak projeleri, aktarılacak kaynak tutarını, harcama programlarını belirlemeye yetkili olacak. Aile ve Gençlik Fonu'nun sekretarya hizmetleri Hazine ve Maliye Bakanlığı tarafından yapılacak.