HPV aşısı hakkında toplumsal bir korku bulunmakta. Pek çok kişi, aşının ciddi yan etkilere yol açabileceğinden endişe etmekte. Ancak bilimsel veriler, HPV aşılarının son derece güvenli olduğunu ve diğer aşılarla benzer şekilde şişlik, kızarıklık gibi basit yan etkiler dışında herhangi bir ciddi yan etki oluşturmadığını göstermektedir. Dünyada, HPV aşısı ile ilişkilendirilen felç veya ölüm vakası bildirilmemiştir.
Vurgulanması gereken önemli bir nokta aşının var olan HPV’yi tedavi etmeyeceği gerçeğidir. Tüm aşılar gibi HPV aşısı da yeni enfeksiyonlar oluşmasını önler. Bu yüzden, aşılamanın en etkili olduğu dönem, cinsel ilişki başlamadan önceki çocukluk ve ergenlik dönemidir. Dünyadaki önemli kılavuzlar, 9 yaşından 26 yaşına kadar kız ya da erkek fark etmeksizin tüm çocuk ve gençlerin aşılanmasını önermektedir.