Ancak, ketojenik diyete ilişkin olumsuz etkileri konusundaki tartışmalar da devam ediyor. Bazı araştırmalar, kilo kaybı, kan şekeri kontrolü ve enerji seviyelerindeki potansiyel artışları desteklerken, diğerleri bu diyetin kalp sağlığını olumsuz etkileyebileceğini öne sürüyor.
Bazı uzmanlar ise ketojenik diyetin birçok besin gruplarının tüketimini sınırlayarak dengesiz bir beslenme modeline neden olabileceğini belirtiyor.